功能基因与分子标记

红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析 崔建洲 , 申雪艳 , 杨官品 , 宫庆礼, 顾谦群

摘 要: 对河豚基因组微卫星分布特征进行研究,在约365Mb 基因组序列中共找到49 647 个微卫星序列,平均每隔7 351个碱基就有1 个。微卫星序列长度主要分布在20~60 个碱基的长度范围内。全部微卫星序列重复区长度(2 802 374bp) 占整个基因组的比例为0. 77 %。两碱基重复类型数目最多,为35 339 个,占总数的71. 30 %;其次是四碱基类型,6 837 个,占13. 77 %;再次分别是三碱基类型3 548 个,占7. 14 % ,五碱基类型1 856 个,占3. 73 % ,六碱基类型1 605 个,占3. 23 % ,单碱基类型最少,共402 个,占0. 80 %。按降序排列,出现最多的前20 个微卫星重复类别为:CA , TG, GT , AC , GA , CT , TC ,TA , AG, AT , TCCA , ATCC , TCTG, GATG,ATCT , CATC , TGGA , ATGG, GATA , GAG,占全部微卫星序列的75. 21 %。在河豚基因组中未发现GC 微卫星序列的存在。与其它生物基因组中微卫星分布特征相比,河豚基因组具有更高的简洁性。本研究将为研究河豚微卫星标记、研究其群体遗传多样性,进行不同基因组的比较研究提供基础。
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